グラデーションに利用している単色のスプライトをアトラス化していると表示されるゴミの様な線は、Pixel Snapの設定では消えないことがあります。
その場合は
- アトラスにしたテクスチャのFilter設定をPointへ
- グラデーション用スプライトのBorder設定を0で埋めて境界線を無くす
この2点で解決することがあります。
1.テクスチャのFilterをPointへ

2 . Sprite Editorを開いてBorderを0で埋める

同じ色が連続するならBorder設定って不要だよねって考え。大体これで解決すると思います。