Windows環境でファイルをコミットすると改行コードをLFで保存したファイルのはずなのに、 チェックアウト時やコミット時間にCRLFに自動変換されてしまうことがあります。
これはgitコマンドconfig –global core.autocrlf実行することで解決できます。
git config --global core.autocrlf input設定を有効にするとチェックアウト時にCRLFへの自動変換が無効になります。SourceTreeなどを利用している場合は、ターミナルを起動してコマンド入力することで実行・反映されます。